Năm sinh và năm mất của Đoàn Chính Thuần hiện nay vẫn chưa rõ. Tổ phụ của ông là vua Hiếu Đức đế Đoàn Tư Liêm.

Năm 1094, quyền thần Cao Thăng Thái bức ép hoàng đế cuối cùng của thời kỳ Tiền Đại Lý là Đoàn Chính Minh thoái vị nhường ngôi, tự lập làm vua, cải quốc hiệu là Đại Trung. Tuy nhiên, chưa được 3 năm thì Cao Thăng Thái bệnh chết. Trước khi chết, Cao Thăng Thái có di chiếu lại cho con là Cao Thái Minh trả lại ngôi cho họ Đoàn, lập em của Đoàn Chính Minh là Đoàn Chính Thuần lên ngôi. Do thời gian gián đoạn 3 năm ngôi vị vào tay họ Cao, nên vương triều Đại Lý từ Đoàn Chính Thuần trở đi gọi là Hậu Đại Lý.

Trong những năm trì vị, Đoàn Chính Thuần sử dụng các niên hiệu sau:

• Thiên Thụ (1096)
• Khai Minh (1097-1102)
• Thiên Chính (1103-1104)
• Văn An (1105-1107)

Đoàn Chính Thuần trị vì đến năm 1107 thì nhường ngôi cho con là Đoàn Dự, xuất làm sư theo Phật giáo Mật Tông. Sau khi qua đời, ông được tôn thụy hiệu là Văn An Đế.